舟山群岛历史悠久。据考古发现，早在5000多年前的新石器时代，舟山群岛上就有人寓居。在舟山群岛西北部的马岙镇原始村落遗址上，原始乡民们在海滨堆积的99座土墩上发明了奥秘绚烂的“海岛河姆渡文明”，被誉为“东海第一村”。
《史记》载：秦朝徐福在东南沿海蓬莱、方丈、瀛洲三岛上寻长生不老的仙药，其间的“蓬莱仙岛”即为舟山境内的岱山岛。据史学家们剖析，徐福东渡日本时通过舟山诸岛，现岱山岛上建有“徐福亭”、“东渡纪念碑”等。
1979年，考古工作者在舟山市定海区马岙镇这个沿海的山丘平原地带各墩地上，发现了面积达14万平方米的古文明遗址群。经开端开掘，有新石器时代遗址12处，文明层厚60-80厘米，出土了一批石器和陶器。有商周时期的文明遗址8处，出土了很多的印纹硬陶。考古工作者以为，这里是舟山前辈最早的集居之地。定海马岙洋坦里，是一个较为完好的新石器时代原始制陶区，面积约1000平方米。在此出土的夹砂红陶碎片上大都留有稻谷痕迹，专家据此以为舟山群岛在5000年前就开端很多栽种水稻,是我国水稻东传日本的海上通道。